Для начала: ноутбук - это с архитектурной точки зрения чаще всего обыкновенный x86-компьютер (одно из немногочисленных исключений - Apple Macintosh iBook/PowerBook). С точки зрения программиста и пользователя, следовательно, глобальной разницы видно не будет - те же особенности поведения (стандартные прерывания, Ctrl-Alt-Del и т.д.) и те же самые операционные системы. Из заметных различий:

• Сильно развитые в ноутбуках функции энергосбережения, реализованные как программно, так и на уровне BIOSа; их назначение понятно - обеспечение более длительной автономной работы. 
• Также в мобильных компьютерах более развиты функции по обеспечению безопасности информации и ограничению доступа (более развитая парольная система и т.п.). 
• Крайне высокая плотность монтажа как отдельных блоков между собой, так и элементов на системной плате. Это приводит к сильному взаимному электрическому, электромагнитному и термическому влиянию этих блоков друг на друга. Обеспечению термической устойчивости конечного продукта уделяется очень много внимания при проектировании ноутбука, но, всё равно, условия охлаждения деталей и узлов при таком плотном монтаже оставляют желать лучшего. Поэтому ноутбук гораздо более чувствителен к внешним условиям эксплуатации с одной стороны, и часто состоит не из самых производительных компонентов, с другой. 
• По тем же причинам в ноутбуках затруднено электромагнитное экранирование отдельных узлов, именно из-за этого в ноутбуках тяжело встретить, например, качественные аналоговые аудио- и видео-выходы.
• Большинство стационарных компьютеров построено на базе металлического шасси и, чаще всего, металлического же (стального, реже алюминиевого) кожуха. В ноутбуках же применение металлических деталей обычно ограничено лёгким шасси из алюминиевых сплавов; корпуса всех дешевых ноутбуков и множества аппаратов других ценовых категорий изготовлены из пластмассы, часто покрытой металлизированным напылением. Выглядят они может быть и хорошо, но напыление через некоторое время (иногда - очень короткое) "облезает". В ноутбуках подороже применяют ту же ударопрочную пластмассу, но некрашеную, и только совсем небольшое количество моделей построено с использованием металлических корпусов, причём отнюдь не стальных (чаще всего это специализированный алюминий- или магний- содержащий сплав).
• Клавиатура ноутбука хоть и близка к "обычной", отличается от неё и расположением клавиш, и тактильными ощущениями, и (чаще всего) размерами самих клавиш.
• Не стоит также забывать, что по сравнению со "стационарником" системный блок, монитор, клавиатура и мышь в ноутбуке объединены механически в одно целое; в определённых ситуациях это может затруднить их комфортное использование. В частности, все ноутбуки оборудованы TFT-экранами со свойственными им недостатками - неидеальными цветопередачей и углами обзора, что затрудняет использование ноутбуков в тех областях, где эти требования достаточно жёсткие - предпечатная подготовка, цветокоррекция и т.п.